Los primeros poblamientos en la región de Malinalco se registran en la época del «Posclásico temprano y el inicio del Tardío» época de movimientos de pueblos en el altiplano y de otras naciones procedentes de la «Frontera Norte de Mesoamérica». Según Luis Galván Villegas, la noticia más antigua de Malinalco es cuando fue colonizado por un grupo culhua encabezado por Cuauhtepexpetlatzin que se acababa de establecer en Culhuacán; aquél considera que se dio en el siglo XII, «cuando los toltecas ocupan Culhuacán en la Cuenca de México», Galván Villegas agrega: …para ese tiempo Malinalco ya estaba poblado con gente de raigambre matlazinca, y tal vez los ocuiltecos eran vecinos ya que la lengua matlazinca se deriva del otomí suriano y el ocuilteca a su vez del matlazinca. Por otro lado, José García Payón asegura que en el México antiguo, Malinalco formó parte del área matlazinca y que inclusive su habla se conoce que existía desde el año 600 d.C.
A Malinalco llega el monarca chichimeca Xólotl, ésto en el año ce-técpatl. Fernando de Alba Ixtlilxóchitl, en la sumaria relación de las cosas de la Nueva España, explica las actividades de este rey que con un gran contingente pobló, repartió territorios y muchos de ellos ocupados antes por los Toltecas quienes estaban en plena decadencia. Asimismo, menciona que Xólotl entregó los territorios a sus nobles y de qué manera los chichimecas fueron poblando vastas regiones. Al cabo de un periodo de cierto entendimiento entre los aztecas y los malinalcas, posteriormente, en 1476, los aztecas bajo el mando de Axayácatl, sojuzgaron a los pobladores vecinos de Tenochtitlán, ésto es comentado por diversas fuentes, entre ellas la de Sahagún, en su obra Historia General de las Cosas de la Nueva España.
A la llegada de los españoles, Malinalco se comportó contrario a esta invasión y conquista; Andrés de Tapia tuvo el encargo de hacer rendir a los de Malinalco y Ocuilan (después de la noche triste).La tierra recién pacificada se organizaría en el régimen de encomiendas; en Malinalco las primeras fueron otorgadas a Cristóbal Rodríguez de Ávalos y a la Corona. Fue Cristóbal Rodríguez, encomendero ejemplar, quien influyó en la tarea evangelizadora y apoyó para la edificación del convento. Los franciscanos, primeros encargados de la trascendente tarea misionera a partir de 1524, van recorriendo las tierras recién conquistadas; en 1526 el arribo de los dominicos amplía la red evangelizadora.
Sería hasta la llegada de los agustinos en 1533, la última órden en llegar y a ella se le designa Malinalco, ya que estos frailes se instalan en esa red misionera cerrando los huecos territoriales que les habían dejado los franciscanos y los dominicos. Los agustinos se dirigen primero a Ocuilan, fundación que se completa con la de Malinalco después de la Reunión o Capítulo 1540; ésto conforme a las reglas que establecían que el costo de los monasterios sería asumido en su mayor parte por el encomendero, en este caso por Cristóbal Rodríguez, altruismo que les es reconocido, dándole al monasterio de Malinalco, el nombre inicial de «San Cristobal» ahora del Divino Salvador.
La iglesia convertida en parroquia, contó con apoyo en la atención a los feligreses, gracias a la erección posterior de capillas; es probable que en un principio las edificaciones estuvieran hechas con techos de paja en cada uno de los barrios y en ciertos pueblos, sumando once en total; buenos ejemplos de ello son San Nicolás Tolentino y Jesús María en el actual pueblo de San Nicolás.
Por otro lado, la hacienda de Jalmolonga fue la más importante de la región de Malinalco, formó parte de la Encomienda otorgada a Cristóbal Rodríguez en los años inmediatos a la conquista; la historia se precisa cuando los jesuitas penetran en el territorio al adquirir lo que ya era ingenio o trapiche de Jalmolonga; la actividad azucarera ampliamente redituable devino en uno de los muchos quehaceres que los jesuitas usufructuaron en el beneficio del sustento de su colegio capitalino de San Pedro y de San Pablo, ya que el trapiche de Jalmolonga se unían otras haciendas en el actual estado de Morelos como la de Cuauhtla; el esfuerzo de estos clérigos fue apoyado por la Corona con tierras y donaciones en efectivo.
La expulsión de los jesuitas trajo trastornos para la región; a pesar de que la Corona se encargó de atender a los bienes que daban sustento a los colegios eregidos por la orden, las nuevas situaciones obligaron a la Corona a liberar dichos bienes; ésto se llevó a cabo por decreto de Carlos III; sin embargo, esta hacienda no dejó su productividad al olvido siendo la misma en 1775, año en que fue adquirida por el conde de Regla, Manuel Romero de Terreros.
Por otra parte, la evangelización de Ocuilan al igual que la de Chalma estuvo a cargo de los frailes agustinos; se sabe que el lugar de la aparición de Chalma fue precisamente el centro del peregrinaje donde se rendía culto a Oztoteotl y que según el historiador Romero Quiroz se trataba de un Santuario dedicado a Tezcatlipoca y sitio de sacrificios humanos; también se menciona que en conocimiento de los agustinos la continuidad de estas prácticas probablemente obligó en 1573, a Fray Nicolás de Perea y Fray Sebastián de Tolentino, por medio de rezos y prédicas, a configurar el milagro.
Los primeros habitantes del santuario fueron dos hermitaños: Bartolomé de Jesús María, quien radicó en este sitio en 1623, al que más adelante lo acompañó Fray Juan de San José, ambos edificaron una pequeña capilla. Estos eremitas, entre oraciones y penitencias atrajeron poco a poco a los peregrinos; los santos varones iniciaron la construcción de un pequeño convento que siguió bajo el cuidado de los agustinos. Se debe recalcar que al Santo Cristo de Chalma se le rindió culto en la cueva de aparición durante más de un siglo y que parte del templo actual ocupa el sitio de la iglesia inicial cuya edificación se concluyó en 1683.
Para los tiempos de la Independencia es necesario mencionar la estancia de Don José María Morelos y Pavón en Malinalco el 8 de enero de 1813; en esta localidad firmó un documento, el cual según Javier Romero Quiroz, «es considerado como una histórica constancia de su conocimiento de las Leyes Indias, inspiradoras en gran parte de sus convicciones agrarias»; dicho documento «ordena que se devuelva a México una carta del cabildo eclesiástico en la que éste pedía donativos para ayudar en la guerra peninsular contra los franceses».
Al organizarse México como nación independiente, Malinalco, que durante la Colonia fue alcaldía mayor, se convirtió en partido y fue dotado de un ayuntamiento. En una Memoria presentada el 26 de marzo de 1834, por el gobernador del Estado de México se presentó a la Legislatura local un informe completo de la situación en que se hallaba la industría agrícola, fabril y mercantil.
Después de la guerra de Reforma que puso fin al gobierno conservador y llevó al poder a Benito Juárez, los jefes reaccionarios y gavillas siguieron peleando durante los primeros meses de 1861; como refugio tenían las montañas de Ocuilan y Malinalco. Con la aplicación de las leyes de Reforma, los edificios, propiedades eclesiásticas y demás pasaron a manos del estado; en toda la república se aplicó la ley de desamortización de bienes eclesiásticos y en Malinalco, los conventos agustinos continuaron funcionando a la comunidad, pero su dueño era, sin duda, el estado.
Durante la Revolución, por la proximidad de Malinalco con el estado de Morelos tuvo que ser participe de los embates revolucionarios y se unió al bando zapatista. Los de Malinalco al tener descontentos con el gobierno de Porfirio Díaz y el del gobernador del Estado de México, Fernando González, el cual seguía la misma línea del primero, vieron la forma de rebelarse cuando las fuerzas de Emiliano Zapata irrumpieron en la zona, el 10 de abril de 1912, según Gómez Brito, antiguo cronista de Malinalco; tal vez, hay un error en el año, pues Antonio Gutiérrez dice que la llegada de los zapatistas a Malinalco fue en ese mes,pero en 1911.
Los malinalquenses se pusieron a las órdenes del general de división Genovevo de la O; por otra parte, se dice que el joven médico Gustavo Baz Prada tomó parte en la toma de Malinalco por los zapatistas, todo ello se encuentra explicado en el libro de Gómez Brito, Síntesis histórica de Malinalco. En 1913, tanto zapatistas como carrancistas se disputaron el control de la zona, el 23 de abril de ese año se informó que había «una gran cantidad de rebeldes y que sus avanzadas llegan hasta cuatro kms. de la hacienda de la Tenería».
Durante el periodo de Victoriano Huerta, Malinalco permaneció leal a las fuerzas zapatistas. El gobierno trató de erradicar los brotes revolucionarios y recomendó a los hacendados comprar armas para defenderse, sin embargo la respuesta fue nula, ya que temían a los revolucionarios.